Hola.
Según entiendo, tienes un script o has programado tu panel PLESK para que haga backups pero el mismo está siendo realizado en forma duplicada. Así que deseas, puntualmante:
a) Mover todos los backups hacia aws s3
b) Programar el script para que giarde por defecto en aws s3.
Una pregunta, ¿qué usas para hacer tus backups?
Atento para resolver cualquier duda