Hola.
Las permisología en sistemas *unix puede ser un poco confusa cuando uno la ve por primera vez. De igual forma, quizás, pueda parecer que no posee los suficientes elementos para ser segura. Sin embargo su sencillez le da una gran flexibilidad al momento de trabajar con ella.
Puedo ayudarte a configurar la permisología de forma adecuada, para ello requiero saber cuál distribución de Linux estás usando (redhat, centos, debian, ubuntu, etc), si estás utilizando un hosting compartido (de esos que utilizan un panel web para su administración) , si utilizas ssh para conectarte.
De igual forma, es importante saber qué tipo de operación estás realizando cada vez que te da el error de permisología.
Atento a tus respuestas.